Single Cell Pipeline Automatisierung

Automatisierung der Präprozessierungs-Pipeline für Single Cell Hochdurchsatz-Sequenzierdaten auf der Basis von Docker Linux Containern.

Mit Hilfe von Docker Containern und Pipeline Automatisierungstools wird innerhalb eines Projekts ein dynamisch auf unterschiedliche Infrastrukturen skalierbares, modulares und anpassbares und Baukasten-System auf Basis von Standardkomponenten aus dem Open Source Bereich etabliert.

Dabei werden die folgende Projektbereiche abgedeckt:

  • Konzeptionelle Erstellung der Prozessketten
  • Aufbau des modularen Docker-Systems, Umsetzung über Docker Cluster
  • Erstellung von Tool-Set Images
  • Konfiguration der Prozesssteuerung (Pipeline Automation)  für die Daten-Präprozessierung und Qualitätssicherung für verschiedenen Pipelines mit adaptierbaren und standardisierbaren Workflows
  • Virtualisierung
  • Performance Optimierung bestehenden Infrastrukturen
  • Eingliederung in bestehende Abläufe